A Agência Portuguesa do Ambiente (APA) é a atual responsável pela gestão dos aquíferos, o que inclui a monitorização do estado dos aquíferos, o licenciamento de novos furos e a elaboração de planos de gestão, o que é feito através das Administrações da Região Hidrográfica (ARH) de cada zona do país. Os pedidos de captação de água particulares podem
ser efetuados online através do SILiAmb - Sistema Integrado de Licenciamento do Ambiente, assim como os pedidos de informação prévia sobre a possibilidade de utilização dos recursos hídricos e os pedidos de emissão ou de renovação de licenças para o exercício de atividades de pesquisa e captação de águas subterrâneas.